Grunden för The Military and Hospitaller Order of Saint Lazarus of Jerusalem lades 1098 vid Sankt Lazarus sjukhus beläget utanför Jerusalems murar. Ordens första stormästare Gerard Tenque grundade även Den Suveräna, Militära och Hospitallära Orden av Sankt Johannes av Jerusalem av Rhodos och Malta (även känd som Malteserorden). Ordens första erkännande från Den Heliga Stolen är daterad den 15 februari 1113.
Sankt Lazarusorden var den enda riddarorden som ägnade sig åt vården av de leprasjuka, en utstött marginalgrupp i medeltidens Europa och Mindre Asien. Till försvar av sina sjukvårdsinrättningar vid korstågens krigshandlingar utvecklade Orden sin militära sida från 1123. Orden deltog i slaget vid La Forbie 1244, vid slaget om Al Mansurah 1250 och i försvaret av Akko 1291.
Efter Akkos fall och fördrivandet av kristna från Det Heliga Landet flyttade en gren av Orden sitt högkvarter till Boigny, Frankrike, där den ställdes under den franske kungen Philippe IV:s beskydd 1308. Härifrån utvidgade Orden successivt sin verksamhet och upprättade ett stort antal sjukhus, betecknade som lasarett, för leprans offer i Frankrike, Spanien, Italien, England, Skottland, Tyskland, Ungern och Schweiz.
En annan gren av Orden med högkvarter i Capua i nuvarande Italien kom under direkt kontroll av Den Heliga Stolen. År 1572 slog Påven Gregorius XIII samman Capua grenen med Sankt Mauritiusorden. Från senare hälften av 1400-talet och framåt gjordes flera försök från Den Heliga Stolen att ta kontroll över den franska grenen av Orden, vilket både franska kungahuset och Orden själv motsatte sig.
Under franska revolutionen undertrycktes alla kungliga ordnar i Frankrike. Ordens egendomar (Chateau de Boigny, militärakademien och sjukhusen) konfiskerades. Dåvarande stormästaren prins Louis Stanislas Xavier av Frankrike lämnade landet och fortsatte sitt ämbete i exil tills han kunde återvända som kung Louis XVIII år 1814. Han lämnade då stormästarämbetet, men kvarstod som Ordens beskyddare. Kung Louis XVIII efterträddes 1824 av Karl X som blev Ordens beskyddare fram till 1830, då han tvingades abdikera. Därefter stod Orden utan kungligt beskydd fram till 2004 då HKH Henri, Greve av Paris, Hertig av Frankrike, huvudman för franska kungahuset, åter ställer Orden under kungligt beskydd.
Från 1841 till idag står Orden under religiöst beskydd av Grekisk-Melkitiska katolska kyrkan. Den ekumeniska rörelsens framväxt efter 1900-talets världskrig har även präglat Orden, som idag även beskyddas av anglikanska och lutheranska biskopar och av en romersk-katolsk kardinal. Orden tilldelades påve Johannes XXIII:s pris för sitt ekumeniska arbete. Från 1841 var patriarken för den Grekisk-Melkitiska katolska kyrkan även Ordens överhuvud och 1910 utsågs Paul Watrin till Ordens kansler av Cyril VIII. Under Watrins ledning utvecklades Orden och 1935 kunde den förste stormästaren sedan 1814 utses: Francisco de Paula de Borbón y de la Torre, hertig av Sevilla.
Sedan slutet på 1960-talet är Orden uppdelad i två så kallade obediences med egna stormästare, Paris och Malta, som båda bedriver ett omfattande välgörenhetsarbete.
Idag, mer än 900 år efter sin tillkomst, fortsätter Orden sitt arbete i mänsklighetens tjänst och till försvar för den kristna tron. Som i gångna tider, fast numera som en världsvid gemenskap, håller Orden fast vid sina ideal att söka lätta bördor för lidande människor och inspirera sina medlemmar till ett liv i Kristi efterföljd. Ordens syfte är:
